Como mecanismos de control de la contaminación se establece en la Ley General de Equilibrio Ecológico y Protección al Ambiente (LGEEPA) en el Capitulo I, sobre el Aprovechamiento Sustentable del Agua y los Ecosistemas Acuáticos:
Como base tenemos que es en el artículo 88 se asigna la responsabilidad al Estado y a la sociedad la sobre la protección de los ecosistemas acuáticos y el equilibrio de los elementos naturales que intervienen en el ciclo hidrológico.
Para lograrlo el articulo 89 marca que se establecer el otorgamiento de concesiones, permisos, y en general toda clase de autorizaciones para el aprovechamiento hídrico que afecten o puedan afectar el ciclo hidrológico, así como para la extracción de agua. Y es motivo de suspensiones o revocaciones de permisos, autorizaciones, casos de obras o actividades que dañen los recursos hidráulicos nacionales o que afecten el equilibrio ecológico. En el articulo 92 se establece que las autoridades competentes promoverán el ahorro y uso eficiente del agua, el tratamiento de aguas residuales y su reuso.
Ley de Aguas para el estado de Guanajuato
El titulo séptimo se titula prevención y control de la contaminación de las aguas, los artículos 69-72 establecen a la Comisión Estatal del Agua como la encargada de vigilar la calidad del agua, determinar la capacidad de asimilación y dilución de los cuerpos de agua, gestionar medidas para prevenir la contaminación de aguas y establecer las metas de calidad del agua y los plazos para alcanzarlas.
Ley para la protección y preservación del ambiente del Estado de Guanajuato
En el apartado de prevención y control de la contaminación de agua se señala que el Instituto de Ecología está encargada de llevar un registro de las descargas a los sistemas de drenaje y que la Comisión Estatal de Agua de Guanajuato debe realizar un sistemático y permanente monitoreo de la calidad de las aguas para detectar la presencia de contaminantes.